Con la caduta dell'Impero Romano il territorio venne controllato prima dai Bizantini e successivamente dai Longobardi che, nel 643 con re Rotari si impossessarono della zona, mentre Lituprando la unì al ducato longobardo di Lucca.

Nel 773 Carlo Magno occupò tutti i territori del comprensorio, dividendoli in Comitati affidati a Vescovi-Conti e Luni divenne capoluogo confinante con i vicini Comitati di Parma e Lucca.
Ma le continue scorrerie dei barbari Goti, le razzie e i saccheggi di Normanni e Saraceni, insieme al progressivo insabbiamento del porto di Luni, che si stava trasformando in una palude malsana, segnarono l'inizio della decadenza.

Nel X sec. in seguito alla rinascita della grande spinta religiosa, si consolidò l'importanza di una grande via di pellegrinaggio, la via Francigena che attraversava tutta la zona.
Fiorirono così notevoli centri, spedali, monasteri e piccoli luoghi di culto divenuti oggi siti di notevole importanza storica.
Nello stesso periodo nacquero le Repubbliche Marinare di Pisa e Genova che per circa un secolo si contendono il territorio.

Nel 1161 l'Imperatore Federico I stabilì i confini della repubblica di Pisa da Civitavecchia a Portovenere.

Nel 1200, dopo aspre contese con la repubblica di Lucca, anche la città di Massa passò sotto il dominio pisano, ma restò contesa per oltre un secolo.

Nel 1204 la sede vescovile fu trasferita definitivamente da Luni a Sarzana, divenuta ormai un florido centro mercantile per la sua posizione geografica.

Nel 1300 una figura di notevole importanza fu Castruccio Castracani, divenuto signore della Vicaria della Lunigiana accorpando e fortificando le città presenti sul territorio.